Analyse évolutive des familles de domaines protéiques

TL;DRAbstract

L'inference fonctionnelle est un probleme central dans le contexte actuel de sequencage et d'annotation massifs de genomes entiers. La traditionnelle methode d'annotation fonctionnelle par recherche d'homologie n'est pas toujours suffisante. En consequence, plusieurs methodologies ont ete developpees pour mettre en evidence des correlations fonctionnelles entre genes. Parmi celles-ci figure la methode des profils phylogenetiques. Cependant, l'inconvenient de cette methode est qu'elle ne tient pas compte de la structure arborescente de la taxonomie qui relie les especes etudiees entre elles. Afin de les enrichir, nous avons cherche a predire sur l'arbre de la taxonomie des especes, un scenario evolutif pour chaque profil phylogenetique. Trois methodes differentes ont ete developpees et appliquees aux familles de domaines proteiques issues de la base de donnees ProDom-CG. La premiere est basee sur l'hypothese que si le phenomene majeur de transmission d'un domaine entre especes est l'her

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